肛門為消化道之終點，前段接續直腸而後段與皮膚形成交界。構造形態上由內而外分為黏膜層、黏膜下層、肌外層等三層，黏膜層及黏膜下層向內凸出形成縱向之皺摺稱為肛柱 ( anal columns )，而其間之凹陷則成為肛竇 ( anal sinuses )。與消化到其他段不同的是肛門的直接包圍於股部之皮下結締組織，因此並無漿膜層或外膜層之構造，而在肛門之肌外層外側還有骨骼肌所形成之肛門外括約肌 ( external anal sphincter ) 之圍繞。

　　肛門根據黏膜層之上皮之差異上可分為：

大腸-直腸區 ( colorectal zone )：此區段黏膜層上皮與直腸同為單層柱狀上皮，其間有大量杯狀細胞分布。 黏膜固有層及黏膜下層間常有大量淋巴球與聚集形成之淋巴小節之分布，肌外層僅有環肌而無縱肌，又稱為肛門內括約肌 ( internal anal sphincter )。

肛門轉移區 ( anal transitional zone )：此區域之黏膜層上皮由單層柱狀上皮轉成複層鱗狀上皮，轉換位置可能出現複層立方上皮。

鱗狀上皮區 ( squamous zone)：此區為肛門外側接續皮膚之區域， 其覆蓋上皮與皮膚同為複層鱗狀上皮，可見毛髮、皮脂腺等皮膚特化構造，但肛門附近之汗腺與一般存在皮膚之汗腺不同，為特化之頂漿分泌型汗腺，又稱環肛腺 ( circumanal glands )，其產生之分泌物具有特殊氣味，許多動物用以作為個體間訊息傳遞或勢力範圍標示等功能。